理学，是以研究儒家经典的义理为宗旨的学说，即所谓义理之学。在宋朝，学术上造诣最深、影响最大的是朱熹。他总结了以往的思想，尤其是宋代理学思想，建立了庞大的理学体系，成为宋代理学之大成者，其功绩为后世所称道，其思想被尊奉为官学，而其本身则与孔子圣人并提，称为“朱子“。朱熹撰《周易本义》，列河洛、先天图于卷首，又与弟子蔡氏父子（蔡元定、蔡沉）编撰《易学启蒙》，笃信和诠释河洛、先天之学，后世皆以此立言，阐发朱子的河洛先天思想。
在元、明、清三代，朱子理学一直是统治阶级的官方哲学。元朝皇庆二年（公元1313年）复科举，诏定以朱熹《四书章句集注》为标准取士，朱学定为科场程式。明洪武二年（公元1369年），科举以朱熹等“传注为宗”。朱学遂成为巩固统治秩序的精神支柱，但由于朱熹理学强化了“三纲五常”，对后来社会的变革，起了一定的阻碍作用。朱熹的学说，也对后来明朝王阳明的心学有深刻的影响。王阳明的知行合一思想正是在朱熹哲学基础上的突破。
理气论，朱熹的哲学体系以程颢兄弟的理本论为基础，并吸取周敦颐太极说、张载的气本论以及佛教、道教的思想而形成。这一体系的核心范畴是“理”，或称“道”、“太极”。朱熹所谓的理，有几方面互相联系的含义。
理是先于自然现象和社会现象的形而上者。他认为理比气更根本，逻辑上理先于气；同时，气有变化的能动性，理不能离开气。他认为万物各有其理，而万物之理终归一，这就是“太极”。理是事物的规律。
理是伦理道德的基本准则。朱熹又称理为太极，是天地万物之理的总体，即总万理的那个理一。“太极只是一个理字”。太极既包括万物之理，万物便可分别体现整个太极。这便是人人有一太极，物物有一太极。每一个人和物都以抽象的理作为它存在的根据，每一个人和物都具有完整的理，即理一分殊。理在人身上就是人性。
气是朱熹哲学体系中仅次于理的第二个范畴。它是形而下者，是有情、有状、有迹的；它具有凝聚、造作等特性。它是铸成万物的质料。天下万物都是理和质料相统一的产物。朱熹认为理和气的关系有主有次。理生气并寓于气中，理为主，为先，是第一性的，气为客，为后，属第二性。
动静观，朱熹主张理依气而生物，并从气展开了一分为二、动静不息的生物运动，这便是一气分做二气，动的是阳，静的是阴，又分做五行（金、木、水、火、土），散为万物。一分为二是从气分化为物过程中的重要运动形态。朱熹认为由对立统一，而使事物变化无穷。他探讨了事物的成因，把运动和静止看成是一个无限连续的过程。时空的无限性又说明了动静的无限性，动静又是不可分的。这表现了朱熹思想的辩证法观点。朱熹还认为动静不但相对待、相排斥，并且相互统一。朱熹还论述了运动的相对稳定和显著变动这两种形态，他称之为“变”与“化”。他认为渐化中渗透着顿变，顿变中渗透着渐化。渐化积累，达到顿变。
格物致知论，“格物致知”出于《大学》“致知在格物”一语，原无认识论意义，基本上是讲对一般道德的体认。明确从认识论的意义上解释“格物”的第一个人是程颐。他说：“格犹穷也，物犹理也。犹日穷其理而已矣。”（见《二程遗书》）朱熹继承了二程的说法，并建立了更系统的格物穷理说。他通过对“格物致知”的阐释，表述了自己的认识论思想。
从认识的目的来看，朱熹讲“格物致知”是为了当圣人。认为若做不到“格物致知”，无论如何都是凡人，只有达到“物格知至”，方可进入圣贤之域。
朱熹所讲的生命，不是生物学意义上的生命，也不是抽象意义上的生命，而是从人的日常生活上讲生命，从生活环境上讲生命。朱熹的生命对象，不仅是指活生生的人，而且还指花草树木、虫鱼鸟兽、山河大地、风雨霜雷、日月星辰等与人息息相关的自然万物。因此，朱熹喜欢以与人关系密切的草木来具体阐述其生命哲学。
朱熹的生命哲学围绕着“生”字而展开。在朱熹那里，“生”又称为“生生之理”（或“生理”）、“生生之意”（生意）、“生物之心”，是指天地万物固有的生命原理、原动力和意向性。朱熹说：“天地之心只是个生。凡物有是生，方有此物，如草木之萌芽，枝叶条干，皆是生方有之。”又说：“如一树，春荣夏敷，至秋乃实，至冬乃成。虽曰成实，若未经冬，便种不成……到冬时，疑若树无生意矣，不知却自收敛在下，每实各具生理，更见生生不穷之意。这个道理直是自然，全不是安排得。只是圣人便窥见机缄，发明出来。”这是从具体一草木与其果实种子来说生命原理、原动力和意向性。
朱熹指出，生者，木之生也。其实，“生”字之本义，是指草木从土中生长出来的过程。甲骨文、金文的“生”字如下：
看“生”的字形，实是一幅充满活力的美丽图画。但见一草木从地中生长出来，它的根部坚实稳妥，茎细短而直，两片叶子小而柔嫩，挺直的身姿略有弯曲，尤其最上的尖芽遒劲有力，努力向上伸展，充满着生命动态的张力。再仔细看，但见土地支撑着根茎，根茎托举着嫩叶，共同推动着尖芽向上生长。在这里，土地、根茎、嫩叶、尖芽相互支持、相互配合，形成了亲密无间的生命整体。这幅生命图画把我们带到早春时节，草木生命经过孕育萌芽，终于破土而出，并且生茎抽叶，已有草木的雏形，娇弱中充满着生命的力量，它蓄势待发，跃跃欲试，将要开启下一段茁壮成长的旅程。可见，“生”之一字，蕴含着深刻的生命之理。朱熹深谙此生命之理，并将之阐发出来。
朱熹认为，生命是有根源的。无无本之木，草木只有从根上才能生出茎干，抽出枝叶，开出花朵，结出果实。草木无根，就不可能长出干、枝、花、叶、果。若草木的根受到斫伤或在泥土中扎根不稳，草木就难以欣欣向荣地生长。万物皆有一个根，皆有一个源，凭空之中不可能生出万物。朱熹说：“问渠那得清如许，为有源头活水来。”根是万物生命的活水源头，无根则无生命。
生命是渐变的。三尺之冰，非一日之寒，其所由来者久也。生命不是一蹴而就的，“渐”是自然生命最大的秘密。朱熹说：“且看春间天地发生，蔼然和气，如草木萌芽，初间仅一针许，少间渐渐生长，以至枝叶花实，变化万状，便可见他生生之意。”譬如草木，鹅黄的嫩芽初如一针许，假以时日，便会茁壮成长为干茎；假以时日，便会抽枝生叶；假以时日，便会开花结实。促发草木生命进展的秘密，便是时间之“渐”，在它的浸润中，生命力量含蕴积蓄，生命变化着它的形色样态，展现着生命的过程。它是那么自然，那么悄无声息。在朱熹眼里，生命不是“忽如一夜春风来，千树万树梨花开”的突变，而是“随风潜入夜，润物细无声”的渐变。
生命是有理有序的。生命的过程不是混乱无序的，而有其节奏韵律。朱熹认为，生命的展现有一个元、亨、利、贞的过程。元是生命的始发，亨是生命的通达繁盛，利是生命的成熟，贞是生命的收敛蓄积。草木的生长，一定有生根、发芽、长茎、抽枝、生叶、开花、结实、收获的序列，不可扰乱，不可颠倒，这是大自然生命之节奏。春生、夏长、秋收、冬藏是草木生命的大节奏，其中每一节点又有更小的节奏，正是在与自然环境相应的节奏中，万物生命呈现出自身的理路脉络。无理无序，只能导致生命的畸形、枯萎和死亡。
生命是生生不息的。朱熹说：“一丛禾，他初生时共这一株，结成许多苗叶花实，共成一个性命；及至收成结实，则一粒各成一个性命。只管生生不已，所谓‘日新’也。‘富有之谓大业’，言万物万事无非得此理，所谓‘富有’也。日新是只管运用流行，生生不已。”春种一粒粟，秋收万颗子，果实成熟，秋收冬藏之后，来年春种，又一轮生命勃发。草木的生命就是这样能生生所生，所生生能生，生而又生，无有停息。新陈代谢、生而又生，是生命连绵不绝的法则。四季轮转，草木青了又黄，黄了又青。“野火烧不尽，春风吹又生。”生命在代谢更替中流淌不息。
万物生命是整体贯通的有机体。朱子主张“人与天地万物一体说”，宇宙是天地、万物、人相关联、相依赖而形成的有机整体。生命不是独存的，而是互依相关的。草木的生成存在，离不开土壤、肥料、空气、水分、阳光，离不开人力、虫媒，甚至看似破坏其生命的狂风暴雨、冰霜雪冻，虫咬鼠害，这些有机的、无机的，有益的、有害的物事共同构成了生命整体之流，蕴育着、支撑着这个生命。朱子说，宇宙“如一个大树，有个根株，便有许多芽孽枝叶。牵一个则千百个皆动”。宇宙如同一棵生命的大树，万物如同树之干枝花叶，其间亦有“理一分殊”的道理。如一树花，从总上言，根、枝、干、花、叶、果之生理一体流通，彻头彻尾，无一处欠通；从分上言，枝干有生理，花有生理，叶有生理，果有生理。从分上言各有生理，似有许多生理，其实都汇聚为一体之生理。故朱熹说：“盖通天下只是一个天机活物，流行发用，无间容息。”
万物生命是由具体的材料、条理和目的三因素凝合而生成。朱熹认为，理是“生物之本”，气是“生物之具”，心是“生物之意”。具体说，一物的存在，要有聚成一物的材料——“气”，要有生成该物过程之中显现且主宰的秩序条脉——“理”，还要有一物生成的目的和意向——“心”。事实上，任何一物的生命存在，都是一物主动整合生命之材料（“气”）和遵循生命呈现之秩序（“理”）并依照某种生命目的（“心”）的实现。在朱熹那里，理是生生之理，气是春生之气，心是生物之心；理、气、心三者相互依赖、不可分离，共同构成生生不息的生命河流。
总之，朱熹的生命哲学以“生”为中心展开，他以草木生命为例，对生命的根源、动力、秩序、材料、意向、过程及人的天职等进行了较系统的阐述。这种生命哲学，既呈现了人与人、人与自然共生的世界观，又重视人的主体性和能动性，挺立了人的中心地位和价值意义，对推进生态文明建设具有重要的启发意义。
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